La biblioteca conserva 121 incunaboli. Alla raccolta dedicò un ampio capitolo Anna Gentilini nel volume La biblioteca comunale di Faenza, la fabbrica e i fondi sottolineando come gli interventi di restauro effettuati negli anni Settanta del secolo scorso con la sostituzione delle vecchie rilegature abbiano privato gli esemplari di molte informazioni: note manoscritte, timbri, vecchie collocazioni utili per ricostruire la storia del fondo antico della Biblioteca sono andate perdute per sempre. Nella collezione si possono identificare i nuclei più consistenti di provenienza da timbri e note manoscritte: 17 pezzi provengono dalla Biblioteca dei domenicani di Sant’Andrea e appartengono alla prima raccolta dei libri dei conventi dopo la soppressione del 1797. Un altro nucleo proviene dalla biblioteca di S. Girolamo degli Osservanti. Appartiene a questo fondo una bella edizione della Summa theologica di S. Antonino stampata a Venezia da Niccolò Jenson nel 1477. Il terzo nucleo per rilevanza è quello proveniente dalla libreria nobiliare della famiglia Zauli Naldi, donata nel 1963.
All’inizio della sua vita il libro a stampa cerca di riproporre le caratteristiche del manoscritto e nel periodo in cui convivono come prodotti commerciali è quasi impossibile distinguerli se li si osserva chiusi. Ma oltre che nell’aspetto esteriore la stampa non portò novità neppure nell’apparato illustrativo interno, ancora realizzato a mano come nei manoscritti. Gli stessi meccanismi di impaginazione degli incunaboli – i libri stampati dall’invenzione della stampa fino a tutto l’anno 1500 – rispettano le norme di costruzione dei codici a partire dallo specchio di stampa.
Anche i termini utilizzati agli inizi della stampa provengono dal mondo del manoscritto. Le differenze vanno riscontrate nel prezzo, ma soprattutto nella necessità, per il libro a stampa, di un sistema di produzione per il quale sono indispensabili un consistente assortimento di caratteri mobili di metallo, carta, locali, torchi, manodopera qualificata, e di conseguenza la necessità di un consistente investimento di capitali. Non ultima, infine, l’urgenza di formulare una politica editoriale, per scegliere cosa, come e per chi stampare. Pubblicare un libro che pochi avrebbero comprato significava andare incontro al fallimento: la scelta dei titoli diventava un aspetto cruciale dell’attività editoriale, così come pure il marketing.
La dipendenza dell’allestimento del libro a stampa dai manoscritti fa sì che solo nel lungo periodo i libri assumano l’aspetto che ci è abituale: l’occhio del lettore e le sue abitudini impongono la continuità nella presentazione della pagina, così come in quella delle legature nella realizzazione delle coperte, di regola ancora un momento separato della confezione del libro. Anche per questo motivo negli incunaboli, come nei tardi manoscritti, la prima pagina poteva anche non coincidere con l’inizio dell’opera.